Trong khi Bộ KH-ĐT có quy định chi tiết cho các ban quản lý dự án đúng khuôn khổ nhằm tránh lợi ích nhóm, tránh không minh bạch, không bóp chết các nhà thầu có năng lực thì Ban Quản lý dự án Nhiệt điện 2 đã đưa ra quy định có sự khác biệt với gói thầu số 03 tại nhà máy Nhiệt điện Quảng Trạch, Quảng Bình.