Ca nhiễm Omicron đầu tiên có thể vào tháng 10, bất lực trong tìm bệnh nhân số 0

Về cơ bản, một gen bị thiếu trong cấu hình bộ gen bình thường của SARS-CoV-2. Các xét nghiệm PCR không phát hiện ra một trong những mục tiêu mà họ mong đợi, tín hiệu cho thấy có điều gì đó về vi rút SARS-CoV-2 đã thay đổi. Chỉ vài ngày sau, hiện tượng tương tự cũng được báo cáo tại Phòng thí nghiệm Bệnh học Phân tử ở thành phố Johannesburg, Nam Phi.

Tiến sĩ Allison Glass, nhà nghiên cứu bệnh học của Phòng thí nghiệm Lancet, cho biết phát hiện này trùng hợp với sự gia tăng các ca dương tính với COVID-19 ở các vùng của Nam Phi.

Ở tỉnh Gauteng, bao gồm cả thành phố Johannesburg, chưa đến 1% người có kết quả xét nghiệm dương tính vào đầu tháng 11, nhưng con số này đã tăng lên 6% trong vòng hai tuần và lên 16% tính đến ngày 1.12.

“Phát hiện này làm dấy lên lo ngại rằng chúng tôi đang ở trong một đợt bùng phát dịch COVID-19 khác. Suy nghĩ trước đó của chúng tôi là: Tháng 12 yên tĩnh và kỳ nghỉ Giáng sinh sẽ trôi qua", Tiến sĩ Allison Glass nói với CNN.

Ba tuần sau, thứ mà các nhà khoa học Nam Phi tình cờ phát hiện được toàn thế giới biết đến là biến thể Omicron của SARS-CoV-2.

Sự gia tăng đột biến ca COVID-19 ở tỉnh Gauteng không được chú ý tại Mạng lưới Giám sát gen ở Nam Phi (NGS-SA).

Giám đốc NGS-SA, Tulio de Oliveira, đã triệu tập cuộc họp vào ngày 23.11. Ông nói với tờ New Yorker: "Chúng tôi nghe được từ một thành viên trong mạng lưới của chúng tôi rằng phòng thí nghiệm tư nhân Lancet gửi đến 6 bộ gen của một loại virus rất đột biến. Khi xem xét bộ gen, chúng tôi khá lo lắng vì đã phát hiện ra lỗi của một trong các đầu dò ở xét nghiệm PCR".

Trung tâm Đổi mới và Ứng phó Dịch tễ (CERI) đã nhanh chóng nâng cấp xét nghiệm các mẫu ở tỉnh Gauteng và nhận thấy biến thể này xuất hiện rất thường xuyên. Tulio de Oliveira sau đó đã quan sát rằng trong vòng chưa đầy hai tuần, biến thể mới "thống trị tất cả các ca COVID-19 sau làn sóng Delta tàn phá Nam Phi".

Nguồn gốc bí ẩn

Hiện vẫn chưa rõ biến thể Omicron xuất hiện ở đâu và khi nào. Không thể xác định được bệnh nhân số 0, người đầu tiên nhiễm biến thể này.

Như Giám đốc Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh châu Phi, John Nkengasong, nói với CNN vào ngày 30.11: "Chúng tôi không thể đánh giá điều này bắt nguồn từ đâu".

John Nkengasong cho biết: “Các ca nhiễm Omicron đầu tiên được ghi nhận và xác định ở Botswana, sau đó là Nam Phi”. Thế nhưng, ông chỉ ra rằng: "Việc xác định một loại vi rút, một biến thể mới không có nghĩa là nó đến từ nơi đó".

Michael Head, nhà nghiên cứu cấp cao về sức khỏe toàn cầu tại Đại học Southampton, nói với CNN trong cuộc phỏng vấn qua điện thoại: “Nó có thể là hậu quả của đợt bùng phát dịch, có thể là ở một số vùng của châu Phi cận Sahara, nơi không có số lượng lớn hoạt động giám sát bộ gen và tỷ lệ tiêm vắc xin thấp”.

Cố gắng truy tìm nguồn gốc Omicron có thể là vô ích nếu nó đã được lưu hành trong một thời gian.

Trevor Bedford từ Khoa Dịch tễ học tại Đại học Washington (Mỹ) cho biết trên Twitter rằng, dựa trên phân tích bộ gen từ Botswana và Nam Phi, "biến thể Omicron có thể xuất hiện sớm hơn nhiều so với thời điểm chúng tôi nhận được thông báo, có thể là vào đầu tháng 10".

Kristian G. Andersen, nhà vi rút học tại Phòng thí nghiệm Andersen ở California (Mỹ), cũng có quan điểm tương tự khi viết trên Twitter: "Chúng tôi có thể ước tính điều đó dựa trên sự đa dạng trong các bộ gen được lấy mẫu và hầu hết ước tính về vùng giữa tháng 10 (với độ không chắc chắn rộng rãi), nên chúng tôi tin rằng Omicron xuất hiện tương đối sớm".

Cũng có sự gia tăng mạnh được phát hiện ở tải lượng vi rút trong nước thải tại khu vực Pretoria vào cuối tháng 10 và đầu tháng 11.

Michelle Groome thuộc Viện Các bệnh Truyền nhiễm của Nam Phi cho biết: "Việc giám sát nước thải thực sự đã cảnh báo chúng tôi tương đối sớm về những ca nhiễm Omicron ở Pretoria".

Thế nhưng, các nhà vi rút học thừa nhận họ đang xử lý những thông tin rất sơ bộ về sự tiến hóa và đặc điểm của Omicron.

Lây nhiễm Omicron qua du lịch

Sự gia tăng các ca mắc COVID-19 vào đầu tháng 11 có thể tạo tiền đề cho nhiều ca nhiễm Omicron ở nơi khác. Hầu hết các ca nhiễm Omicron ở quốc tế được CNN theo dõi đến cuối tháng 11 liên quan đến những người đi từ hoặc qua Nam Phi hoặc từ Mozambique, Malawi, Botswana và Namibia.

Ví dụ vào ngày 11.11, 4 người nước ngoài rời Botswana xét nghiệm dương tính với COVID-19 mà kết quả sau đó xác nhận nhiễm biến thể Omicron hôm 24.11, theo Bộ Y tế Botswanan.

Cũng trong ngày 11.11, một người đàn ông 36 tuổi về Hồng Kông sau chuyến đi kéo dài 20 ngày tới Nam Phi, qua Qatar. Hai ngày sau, khi bị cách ly, ông ta có kết quả dương tính với COVID-19 và giải trình tự gen đã xác nhận nhiễm Omicron.

Nhà khoa học Nam Phi sốc khi phát hiện ra biến thể Omicron

Ngày 19.11, Raquel Viana, Trưởng phòng Khoa học tại một trong những phòng thí nghiệm tư nhân lớn nhất Nam Phi, đã giải trình tự các gen trên 8 mẫu vi rút SARS-CoV-2 khiến bà bị sốc.

Các mẫu thử nghiệm trong Phòng thí nghiệm Lancet đều mang số lượng lớn các đột biến, đặc biệt là trên protein gai mà vi rút SARS-CoV-2 sử dụng để xâm nhập vào tế bào người.

"Tôi khá sốc với những gì mình nhìn thấy. Tôi đặt câu hỏi liệu có gì đó không ổn trong quá trình hay không", Raquel Viana nói với hãng tin Reuters và có suy nghĩ nhanh chóng nhường chỗ cho "cảm giác chìm đắm rằng các mẫu sẽ bị phân tán rất lớn".

Raquel Viana nhanh chóng nhấc máy gọi cho đồng nghiệp của mình tại Viện Quốc gia về các bệnh truyền nhiễm (NICD) ở thành phố Johannesburg là chuyên gia trình tự gen Daniel Amoako.

"Tôi hoàn toàn không biết làm thế nào để phá vỡ nó”, Raquel Viana nhớ lại. Bà nói với Daniel Amoako: "Với tôi, nó giống như một dòng vi rút mới".

Việc phát hiện ra Omicron ở miền nam châu Phi đã gây ra cảnh báo toàn cầu, với các quốc gia hạn chế đi lại từ khu vực và áp đặt các hạn chế khác vì lo ngại biến thể có thể lây lan nhanh chóng ngay cả trong những người được tiêm vắc xin. Hiện Omicron đã xuất hiện ở hơn 27 nước.

Daniel Amoako và nhóm nghiên cứu tại NICD đã dành hai ngày 20 – 21.11 cuối tuần để kiểm tra 8 mẫu mà Raquel Viana gửi cho họ, tất cả đều có cùng số đột biến.

Điều kỳ lạ là Daniel Amoako và các đồng nghiệp khác như Josie Everatt cũng cho rằng đó hẳn là sự nhầm lẫn. Sau đó, họ nhận thấy sự gia tăng mạnh mẽ các ca mắc COVID-19 trong tuần thuộc dạng có thể chỉ ra đột biến mới.

Ngoài ra, Raquel Viana đã được một đồng nghiệp cảnh báo về điều kỳ lạ trong mẫu vào đầu tháng 11 - một S-gen dropout, một trong những đột biến hiện phân biệt biến thể Omicron với Delta đang thống trị toàn cầu.

Biến thể phổ biến duy nhất có tính năng đó là Alpha. “Chúng tôi đã không thấy Alpha ở Nam Phi kể từ tháng 8", Josie Everatt nhớ lại khi họ thử nghiệm các mẫu.

Vào ngày 23.11, sau khi thử nghiệm 32 mẫu khác xung quanh thành phố Johannesburg và Pretoria thì mọi chuyện đã rõ ràng. Daniel Amoako nói: "Thật đáng sợ".

Cùng ngày 23.11, nhóm NICD đã thông báo cho Bộ Y tế và các phòng thí nghiệm khác trên khắp Nam Phi đang tiến hành giải trình tự gen, sau đó bắt đầu đưa ra kết quả tương tự.

NICD đã nhập dữ liệu vào cơ sở dữ liệu khoa học toàn cầu GISAID, phát hiện ra rằng Botswana và Hồng Kông cũng báo cáo trường hợp mắc COVID-19 có trình tự gen tương tự.

Ngày 24.11, các quan chức của NICD và Bộ Y tế Nam Phi đã thông báo cho Tổ chức Y tế Thế giới (WHO).

Vào giai đoạn đó, Raquel Viana cho biết hơn 2/3 các xét nghiệm dương tính ở tỉnh Gauteng đông dân nhất Nam Phi, bao gồm cả Pretoria và Johannesburg, cho thấy S-gen dropout - dấu hiệu cho thấy Omicron đã trở nên thống trị.

Với Omicron, tỷ lệ mắc COVID-19 hàng ngày của Nam Phi dự kiến ​​sẽ tăng gấp bốn lần lên hơn 10.000 ca vào cuối tuần này, theo Salim Abdool Karim, chuyên gia bệnh truyền nhiễm hàng đầu đất nước.

Các câu hỏi quan trọng vẫn cần được giải đáp là biến thể Omicron có khả năng tránh miễn dịch do vắc xin tạo ra hoặc việc khỏi COVID-19 trong quá khứ tốt đến mức nào, mức độ nghiêm trọng của các triệu chứng so với các biến thể trước và khác nhau như thế nào giữa các nhóm tuổi.

Ba nhà khoa học được Reuters phỏng vấn mong đợi câu trả lời trong khoảng 3 - 4 tuần.