Theo Bộ Tài chính, việc kiểm tra nhiều cửa đối với mặt hàng thép nhập khẩu là theo đúng yêu cầu từ Chính phủ vì có liên quan tới trốn thuế.
Trong văn bản hỏa tốc báo cáo trả lời những nội dung mà Bí thư Thành ủy TP.HCM Đinh La Thăng chất vấn trong buổi đối thoại giữa thành phố và doanh nghiệp FDI diễn ra ngày 16.3, Bộ Tài chính cho biết cơ chế một cửa hiện mới chỉ đạt khoảng 30% trong tổng lượng thủ tục hành chính. Riêng đối với việc xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh, cơ chế một cửa quốc gia mới thực hiện được 40%.
Theo mục tiêu trong kế hoạch liên ngành xây dựng cho giai đoạn 2016 - 2020, phải tới năm 2018, tất cả các hoạt động của bộ, ngành sẽ phải được thực hiện thông qua cổng thông tin một cửa quốc gia cấp độ 4, trừ một số trường hợp nhất định.
Riêng với mặt hàng thép nhập khẩu, do mức thuế quy định tại biểu thuế ưu đãi (MFN) và các biểu thuế ưu đãi đặc biệt (FTAs) có sự chênh lệch về mức thuế nên phát sinh vấn đề gian lận về xuất xứ và khai báo mã hồ sơ. Tháng 10.2015, Hiệp hội Thép Việt Nam đã có kiến nghị tăng cường kiểm tra quản lý với phôi thép nhập từ Trung Quốc, do các doanh nghiệp này gian lận thuế, đưa thép Trung Quốc đội lốt vào Việt Nam.
Từ lý do trên, Chính phủ đã chỉ đạo các bộ ngành, trong đó có Bộ Tài chính và Tổng cục Hải quan tăng cường biện pháp kiểm tra. Trong đó, biện pháp phân luồng kiểm tra đánh giá chất lượng yêu cầu lấy mẫu 100% và phân tích các mặt hàng có xuất xứ Trung Quốc. Đây là một biện pháp phi thuế phù hợp luật quốc tế, nhằm hạn chế nhập khẩu, bảo hộ nền sản xuất trong nước.
Về vấn đề ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp với Công ty Nước giải khát Suntory Pepsico Việt Nam, Bộ Tài chính cho biết năm 2008, doanh nghiệp này thành lập một dự án đầu tư dưới hình thứ chi nhánh sản xuất. Địa điểm thực hiện dự án là tại khu chế xuất và công nghiệp Cần Thơ.Vào thời điểm đó, mức ưu đãi đối với chi nhánh này theo luật thuế là miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 3 năm đầu. Trong 5 năm tiếp theo, số thuế phải nộp giảm 50%. Tuy nhiên, trong giấy chứng nhận đầu tư mà Cần Thơ cấp, mức ưu đãi 50% kéo dài tới 7 năm.
Tháng 4.2015, Bộ Tài chính có văn bản gửi Bộ Kế hoạch - Đầu tư, đề xuất cho phép chi nhánh của công ty này tại Cần Thơ được hưởng ưu đãi như trong giấy chứng nhận đầu tư đã cấp năm 2008.
Đến tháng 5.2015, Bộ Kế hoạch - Đầu tư có công văn phúc đáp, cho rằng để đảm bảo đối xử bình đẳng với các nhà đầu tư nước ngoài đến từ các quốc gia khác nhau, ưu đãi thuế sẽ thực hiện theo đúng pháp luật, thay vì theo giấy chứng nhận đầu tư mà địa phương đã cấp.
Tuy vậy, đến nay, công ty vẫn có kiến nghị hưởng tiếp ưu đãi, nên Bộ Tài chính phải phối hợp với các Bộ để báo cáo Thủ tướng xem xét quyết định.