Một trong những vấn đề nổi cộm của Nghị định 109 là quyền quản lý của Hiệp hội Lương thực Việt Nam (VFA). Trong bối cảnh xuất khẩu gạo gặp nhiều khó khăn, nhiều chuyên gia cho rằng mô hình VFA do lãnh đạo một doanh nghiệp nhà nước làm chủ tịch là không phù hợp, ngược lại còn gây bất bình đẳng trong cộng đồng doanh nghiệp xuất khẩu gạo.
