Dù phải chơi trên sân khách nhưng Than Quảng Ninh mới là đội ghi bàn trước khi trận đấu mới vào sân được 3 phút thì tiền đạo mới chuyển đến từ CLB Cần Thơ Patiyo có bàn thắng đầu tiên cho trận đấu.
Bị dẫn trước khá sớm, Hà Nội FC đã đẩy đội hình lên cao và dồn lên tấn công để tìm bàn gỡ hoà. Sau những pha tấn công không mệt mỏi, phút 30, cựu tiền vệ tuyển Việt Nam Thành Lương đã có bàn gỡ hoà cho Hà NộiFC bằng pha đá phạt đẹp mắt từ ngoài vòng cấm địa.
Vào hiệp 2, cả hai đội trở về vạch xuát phát vàHà Nội FC đã vượt lên dẫn bàn từ pha đá phạt penalty của Văn Quyết sau khiMinh Tùng phạm lỗi trong vòng cấm ở phút 51. Niềm vui của đội bóng Hà Nội chưa được bao lâu thì Than Quảng Ninh đã có bàn gỡ hoàở phút 58 do công củaMinh Tuấn.
Trận đấu càng về cuối, sức nóng càng cao khi một lần nữa, tiền đạoPatiyođưa Than Quảng Ninh vượt lên dẫn trước ở phút 74 tuy nhiên, HN FC lại cũng cho thấy sự quật cường của họ và chỉ 5 phút sau,Gonzalo lại một lần nữa cân bằng tỷ số.
Hoà nhau ở 90 phút của trận đấu, hai đội buộc phải phân thắng bại trên chấm11m và cuối cùng, với sự xuất sắc của thủ môn Tuấn Linh, Than Quảng Ninh đã chiến thắng đội bóng chủ nhà với tỷ số 4-2 giành chiếc cúp vô địch Siêu cúp 2016 với số tiền thưởng là 700 triệu đồng.