Từ khi được xây dựng và qua thời gian dài 4 thế kỷ cùng với sự tác động của thiên nhiên, Chùa Cầu đã qua nhiều lần trùng tu nhưng vẫn xuống cấp nghiêm trọng. Để giải quyết vấn đề này, tại hội thảo quốc tế Trùng tu di tích chùa Cầu – Hội An mới đây tại Quảng Nam, các chuyên gia đã có đề xuất tháo dỡ toàn bộ Chùa Cầu. Thông tin này khiến người yêu du lịch và yêu Hội An không khỏi lo lắng cho “số phận” của Chùa Cầu.